1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGCCAAGTCTATGAAGTTCAAAGATGGCTACATGGTGTCATCTGGTCAACCAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcgtctgagttgttcttattagagttaagtaaaaaatcaacaacgtctaattaaagtgttgttaaaccgaatatgtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G53870.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGTACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGEST: gi|47831775|gb|CK121459.1|CK121459
genomic: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAG-ACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|116450432|gb|EG493024.1|EG493024
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|47829794|gb|CK119478.1|CK119478
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|86081822|gb|DR377581.1|DR377581
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125134752|gb|EL175456.1|EL175456
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAEST: gi|124816392|gb|EH901258.1|EH901258
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: GACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTEST: gi|164184025|gb|ES086726.1|ES086726
genomic: GACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACEST: gi|124790313|gb|EH879992.1|EH879992
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGAC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAAGGTTAEST: gi|124947126|gb|EL022989.1|EL022989
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAA-GGTTA
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGEST: gi|163969039|gb|ES011015.1|ES011015
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAG GGTGTGTTGGGAATCAAGEST: gi|164205787|gb|ES050504.1|ES050504
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAG
EST: AACTAAGGAATACATAGACTCTGTCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125325783|gb|EL339863.1|EL339863
genomic: AACTAAGGAATACATAGACTCTG-CAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125224387|gb|EL238472.1|EL238472
genomic: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125028405|gb|EL100674.1|EL100674
genomic: TGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGEST: gi|125276494|gb|EL290579.1|EL290579
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|86087971|gb|DR383730.1|DR383730
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125233093|gb|EL247178.1|EL247178
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTEST: gi|125005943|gb|EL078212.1|EL078212
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGT
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGGGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAEST: gi|125157752|gb|EL186676.1|EL186676
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGTCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGEST: gi|124886917|gb|EH965819.1|EH965819
genomic: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTG-CTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAEST: gi|124756950|gb|EH847080.1|EH847080
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTA
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGEST: gi|86075791|gb|DR371548.1|DR371548
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|116445202|gb|EG487794.1|EG487794
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125195931|gb|EL210885.1|EL210885
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|124857235|gb|EH941672.1|EH941672
genomic: TGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|164043240|gb|ES147178.1|ES147178
genomic: AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTEST: gi|125253767|gb|EL267852.1|EL267852
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATT
EST: AAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGEST: gi|124961033|gb|EL035640.1|EL035640
genomic: -AACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: GTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125256113|gb|EL270198.1|EL270198
genomic: GTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125246468|gb|EL260553.1|EL260553
genomic: CTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: AACTAAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGEST: gi|124778444|gb|EH868387.1|EH868387
genomic: AACT-AAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGEST: gi|163987972|gb|EL990779.1|EL990779
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTNAAGGTTATGCTTGATTGGGEST: gi|164132447|gb|EL986148.1|EL986148
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGEST: gi|164085845|gb|ES167295.1|ES167295
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGG
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAAEST: gi|125135095|gb|EL175607.1|EL175607
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAA
EST: GGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125190527|gb|EL205481.1|EL205481
genomic: GGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: TCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125050188|gb|EL122457.1|EL122457
genomic: TCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATEST: gi|124890543|gb|EH969445.1|EH969445
genomic: CAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTAT
EST: ACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|124706986|gb|EH798388.1|EH798388
genomic: ACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: TGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGCEST: gi|125041381|gb|EL113650.1|EL113650
genomic: TGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
EST: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAA GGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
genomic: ATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcg ... gaatatgtagGGTGTGTTGGGAATCAAGGTGAAGGTTATGCTTGATTGGGACCCTAAGGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCCAAGTCTATGAAGTTCAAAGATGGCTACATGGTGTCATCTGGTCAACCAACTAAGGAATACATAGACTCTGCAGTGAGACATGTTTTGCTTAGACAAgtgagtttcgtctgagttgttcttattagagttaagtaaaaaatcaacaacgtctaattaaagtgttgttaaaccgaatatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG