Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTACAATACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatttggattgatgtctcatattaggtttagtcgtattcatgatgatgggtaaggtaaagtttggatttttattttttgtgattgatattggtacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G53580.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124997982|gb|EL070251.1|EL070251
EST:     TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCNGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
EST: gi|124751043|gb|EH841173.1|EH841173
EST:     TCCAGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: TCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
EST: gi|86033409|gb|DR329162.1|DR329162
EST:     TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
EST: gi|125271213|gb|EL285298.1|EL285298
EST:     TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: TACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
EST: gi|125019806|gb|EL092075.1|EL092075
EST:     ATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: ATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
EST: gi|125194166|gb|EL209120.1|EL209120
EST:     CCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAG                         GTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
genomic: CCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatt ... attggtacagGTTAAGGTTGACATGGGGACACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTACAATACATACCGGTGCCGGGTTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGACGGACAGgtagatcatttggattgatgtctcatattaggtttagtcgtattcatgatgatgggtaaggtaaagtttggatttttattttttgtgattgatattggtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG