Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttggtttgattttcacaaattctttattctcttgaagcttctagttgctttgctcatatagatttcttcaacctgtttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G25585.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116380604|gb|EG423196.1|EG423196
EST:     TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT                         ATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
genomic: TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttgg ... ctgtttttagATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
EST: gi|164182427|gb|ES012134.1|ES012134
EST:     ATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT                         ATATACTCACCTAAGTTAGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
genomic: ATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttgg ... ctgtttttagATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
EST: gi|124888887|gb|EH967789.1|EH967789
EST:     TGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT                         ATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
genomic: TGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttgg ... ctgtttttagATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
EST: gi|116380598|gb|EG423190.1|EG423190
EST:     TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT                         ATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
genomic: TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttgg ... ctgtttttagATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
EST: gi|116466773|gb|EG509365.1|EG509365
EST:     TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTAT                         ATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA
genomic: TAACACTTATGGGGTTCATGTTTCTTCTCACATCTGCTCTCTTAGGCTATgtgagtttgg ... ctgtttttagATATACTCACCTAAGTTGGATTCTCCACCTCCTCGATGGGTCCACTTTGCA