1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TGTTGACAAACTCCCAAATGACTTGGAAGGAATGGAGTTAACAATGGAGAGGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttatgatatccttgactgtctattatcgaccatagatacatgatctttgatacagagttttaatgaaatttcccag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G39990.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCAEST: gi|124913427|gb|EH987301.1|EH987301
genomic: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCA
EST: TGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTAGCAGATGCEST: gi|116476016|gb|EG518608.1|EG518608
genomic: TGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATT-GCAGATGC
EST: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCAEST: gi|116465250|gb|EG507842.1|EG507842
genomic: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCA
EST: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCAEST: gi|301502809|gb|HO208349.1|HO208349
genomic: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCA
EST: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCAEST: gi|164168896|gb|EL987718.1|EL987718
genomic: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACATTGGACGATTCATTGCAGATGCA
EST: GGCTGTTAACTCTAATCAATGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTG GGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACA
genomic: GGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttat ... aatttcccagGGAGGTCAAATAGCTCCAGACAACAACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGACAAACTCCCAAATGACTTGGAAGGAATGGAGTTAACAATGGAGAGGCTGTTAACTCTAATCAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGgtaagcttatgatatccttgactgtctattatcgaccatagatacatgatctttgatacagagttttaatgaaatttcccag
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