Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCGGATCTTCAGAAGCCTCAGACTGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGCAGTCTTATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGgtgatttttcctttgttatcgaattctagattattgtgtaagacatccaaatattgatgctgttgtttttctttggttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G39800.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G39800.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G03830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TGCGGATCTTCAGAAGCCTCAGACTGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGCAGTCTTATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGgtgatttttcct--ttgttatcgaattctagattattgtgtaagacat-------ccaaatattgatgctgttg---tttttctttggttag---------------------------------------------------------------------------------------------
||| || ||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||   |||||   | |||||   ||||| ||| ||  |  ||| | |  |   ||  | |||  | | |  | |       | || |    |||   |     ||||  |||| |||                                                                                              
TGCTGACCTTCAGAAGCCGCAAGTTGAACTTGATGGCAAGGCTTGTGCTGCTGTTGGACAAAACAGCCTTATGGCTCTTTATGATGTTTTGTTTAGTCAGgtaattgttgttgattgatgttcatgactgaactatcatcttatgcttgctcgctctaattccaaatgtcatcaagattttgttttgtttatccttaatgccatttcattttccttataatttgttgccttattttaggatagctgacagtgatgtgttaactcctttctctacctgtcttgcag