Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGAGTATGTACCAGAGACATTGTACCGGGTTTTGAAGCACTATACTAGTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattgttatctactctttccccaataaatactctttactctgttgtgtttatcctaaaactgtttataaaatatgttgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G30980.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G30980.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0028g01810.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TATGGAGTATGTACCAGAGACATTGTACCGGGTTTTGAAGCACTATACTAGTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattgttatctactctttccccaataaatactctttactctgttgtgttt---atcctaaaactgtttataaaatatgttgtgcag
 ||||| ||||| || |||||  |||||||||| |||||||| ||||  | | | |||||| |||||||| || | |||||||||||||| ||||| |||||||| | || | |    |||        |  ||| | ||   | | | ||  |    | ||| | | |   |  |||||   ||   |||
AATGGAATATGTTCCTGAGACTATGTACCGGGTCTTGAAGCATTATAGCAATGCTAACCAGAGGATGCCTCTCATATATGTCAAACTTTATACATATCAAgtatgtaatgattttgtttctccaggatttgcatatttttccttttttggtactcctgaccctgatagtaagtgaaaaatgc-ttaatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86048167|gb|DR343922.1|DR343922
EST:     GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGCTCCTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGCTCCTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|125091831|gb|EL149654.1|EL149654
EST:     GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTG
genomic: GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTG
EST: gi|125212326|gb|EL227280.1|EL227280
EST:     GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCGAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATAT
genomic: GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATAT
EST: gi|152033639|gb|BP560678.2|BP560678
EST:     GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATANTC-ATACTGCTCCTGGTGTCTGCCACAG
genomic: GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATA-TCCATACTGCTCCTGGTGTCTGCCACAG
EST: gi|124847867|gb|EH932304.1|EH932304
EST:     AGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATAACTGCTCCTGGTGTCTGCCACAG
genomic: AGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATA-CTGCTCCTGGTGTCTGCCACAG
EST: gi|86048156|gb|DR343911.1|DR343911
EST:     GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAA                         ATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGGCTCCTGGTGTCTGCCACAG
genomic: GTTCAAACCAGCGGATGCCTATCTTCTATGTCAAACTTTACACATACCAAgtatgcattg ... tgttgtgcagATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTG-CTCCTGGTGTCTGCCACAG