Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAACTTTGATCCACAACAGTATATGCAGACAATGCAGCAGGTTATGGAGAATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaatacaagctctttcggatcttcttgttattattagttagtcaatacttgaggtgtgatcatgacattgaatctctgtttggtgtttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G17390.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164233110|gb|ES158808.1|ES158808
EST:     GAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATC
genomic: GAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTT-GGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATC
EST: gi|164074172|gb|ES046640.1|ES046640
EST:     GGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA
genomic: GGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA
EST: gi|116476826|gb|EG519418.1|EG519418
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA
EST: gi|124745642|gb|EH836454.1|EH836454
EST:     GAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAA
genomic: GAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAA
EST: gi|124787000|gb|EH876679.1|EH876679
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGTTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCT
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCT
EST: gi|86055533|gb|DR351290.1|DR351290
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTMACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCC
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCC
EST: gi|86055527|gb|DR351284.1|DR351284
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTT
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTT
EST: gi|86055523|gb|DR351280.1|DR351280
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTTGGAGGC
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTT-GGAGGC
EST: gi|116419184|gb|EG461776.1|EG461776
EST:     ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAG                         GATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA
genomic: ATCCTGAGTTTAGAACAATGGCTGAGCGTCTTGGTAACGCTTTGGTGCAGgtacctttaa ... tggtgtttagGATCCACAAATGTCTCCCTTTTTGGAGGCTCTTGGTAACCCTGCAGCATCA