1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgccttcttccttcttgttgtgtttttcatgatttgtcagtaaatgttgatatgtatatgaacatttgtgttgtttattgtatgatttggcttaag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G04630.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG ATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGTEST: gi|124818336|gb|EH903202.1|EH903202
genomic: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgcctt ... ttggcttaagATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGT
EST: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG ATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGEST: gi|86074796|gb|DR370553.1|DR370553
genomic: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgcctt ... ttggcttaagATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAG
EST: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGCTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG ATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGTEST: gi|19797540|gb|AU229327.1|AU229327
genomic: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgcctt ... ttggcttaagATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGT
EST: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG ATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGTEST: gi|116437351|gb|EG479943.1|EG479943
genomic: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgcctt ... ttggcttaagATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGT
EST: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG ATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGT
genomic: TGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgcctt ... ttggcttaagATTGCGATGAAAGAGCTTAGGCAAAGGAAGATTCCATTTACCATTAGACGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAGgtgttgccttcttccttcttgttgtgtttttcatgatttgtcagtaaatgttgatatgtatatgaacatttgtgttgtttattgtatgatttggcttaag
- - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - TGGAGG