Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTTTTATCGGCTTTAAGAGAGTTGCAACCTGAGCTTTGTATTACAGCAGCTTATGGGAATATTTTGCCTACTAAGTTCCTTAAGATTCCGGTACATGgttagttaaagaattggttgatggacttatggaaacgaatgtagtttctttatagtagatagctgcaaatgagtcttgtgttttgaagccaatgtttaatgttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G66520.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86049622|gb|DR345377.1|DR345377
EST:     AGCTTATGGGAATATTTTGCCTACTAAGYTCHTTAAGATTCCGGTACATG                         GGACAGTGAACATACACCCAAGTTTGTTGCCGCTGTACCGT
genomic: AGCTTATGGGAATATTTTGCCTACTAAGTTCCTTAAGATTCCGGTACATGgttagttaaa ... aatgttttagGGACAGTGAACATACACCCAAGTTTGCTGCCGCTGTACCGT
EST: gi|19877472|gb|AU238303.1|AU238303
EST:     AGCTTATGGGAATATTTTGCCTACTAAGTTCCTTAAGATNCCGGTACATG                         GGGCAGTGAACATACACCCAANTTTTGCTGCCGCTTGTACCGTGGTGCA
genomic: AGCTTATGGGAATATTTTGCCTACTAAGTTCCTTAAGATTCCGGTACATGgttagttaaa ... aatgttttagGGACAGTGAACATACACCCAAGTTT-GCTGCCGCT-GTACCGTGGTGCA