1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttctgttattctttgcgttatgcttctgtttgaatcagtcaagagttgtgaagagagggtttatggattttttttggttactgcttgtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G19660.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATA GCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTEST: gi|124956132|gb|EL031086.1|EL031086
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttc ... ctgcttgtagGCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGT
EST: GTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATA GCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGAEST: gi|124751643|gb|EH841773.1|EH841773
genomic: GTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttc ... ctgcttgtagGCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGA
EST: ACAAATGTTCAAATA GCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTEST: gi|124966619|gb|EL040711.1|EL040711
genomic: ACAAATGTTCAAATAgtagggcttc ... ctgcttgtagGCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGT
EST: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATA GCAAGGCCCACTATGTATCEST: gi|124741015|gb|EH832177.1|EH832177
genomic: TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttc ... ctgcttgtagGCAAGGCCCACTATGTATC
EST: CTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATA GCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGT
genomic: CTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttc ... ctgcttgtagGCAAGGCCCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGAGATGCCTAGTGTGTTACTTATGGCAGCAATGACAAATGTTCAAATAgtagggcttctgttattctttgcgttatgcttctgtttgaatcagtcaagagttgtgaagagagggtttatggattttttttggttactgcttgtag
GGAGAT
- GAGATG