Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcgattctttgatttcttgttctatagtttcttgaagtatttggttactttcttgttggtaaatatgcctgctttctgcatatggatttgattttgaagacaattttctttatctgtctcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13560.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070079|gb|DR365836.1|DR365836
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
EST: gi|86070083|gb|DR365840.1|DR365840
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGNTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
EST: gi|86070078|gb|DR365835.1|DR365835
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
EST: gi|86070080|gb|DR365837.1|DR365837
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
EST: gi|86070077|gb|DR365834.1|DR365834
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
EST: gi|86070082|gb|DR365839.1|DR365839
EST:     TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT                         ATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA
genomic: TAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTATgtgagtttcg ... tctgtctcagATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGTTCACTTCGCA