Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTGTTATCGGTTAACTTCGACACCTGCCACGTCACCAATTATTCGCTCTCCCATGAGgtaaataacctgagattttaacaaaagaaaaatgaggtaaaaataatctgagtgagtggaagtttctaaattgttccatgttagttacttgtttctctgg...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G01320.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G01320.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G06160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
---GGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTGTTATCGGTTAACTTCGACACCTGCCACGTCACCAATTATTCGCTCTCCCATGAGgtaaataacctgagattttaacaaaagaaaaatgaggtaaaaataatctgagtgagtggaagtttctaaattgttccatgttagttacttgtttct--ctgg
   || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||    || || ||  |  |||| |||| ||| || || ||||||||||||  | |   |||  |  ||   |  ||| |   |  |||||  | |   | |  || | | | ||||        | |  || |||  |     || 
CAGGGAATATCAACGGACAGAATTATAGATGTTCGTCGGCTTTTATCGGTGAATACGGAGACGTGTTATATCACAAATTTTTCCCTGTCGCATGAGgtaaattgcataccatta-attaattaattaattaataattaataaattaa-caactcaaattattttaatttaaagtcttcaactatttgaatagagttgc

upper sequence: AT1G01320.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTGTTATCGGTTAACTTCGACACCTGCCACGTCACCAATTATTCGCTCTCCCATGAGgtaaataacctgagattttaacaaaagaaaaatgaggtaaaaataatctgagtgag---tggaagtttctaaattgttccatgttagttacttgtttctctgg
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||      || ||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||| |     ||||||| |  |          || |     ||| ||| |  |   |||| |  | | | |   |   ||||  ||| ||          
GGAATATCAACGGACAGGATAATAGATGTTCGTCGGCTCTTATCCGTGAACACGATAACTTGCAACATCACCAATTTTTCGTTATCCCATGAGgtaaattat----gattttaccctagtttttcgtggggattttaaatttgaatatgccatggaggggtatcattgactttttgttgtttatttag--------