Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATCCCTATATTTTGGAAGGTTTACGTTCCAAAAACAACCGGACGAGGATAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAGgtagtagcaagacttgacaaattatctgatagtcctgtactcctgttctgtttgaattctaatatgcctttctaagcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35630.1
intron # 38
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124796778|gb|EH886457.1|EH886457
EST:     TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAG                         ATAGGTGGACTACTTAAATA
genomic: TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAGgtagtagcaa ... ttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATA
EST: gi|116407288|gb|EG449880.1|EG449880
EST:     TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAG                         ATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAA
genomic: TAGAGTGTACTGATCTCATAGGATATCTACTCGAGACTTGTGGAACTGAGgtagtagcaa ... ttctaagcagATAGGTGGACTACTTAAATACTTAAATATCGTTGCAAGCTTGACAGCAGAA