Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGACGTGCACTTGTGATTGGTCAAGCCCTTGCTGGTGTTCCAGTATGGAAGTTAGGTCCAGAAAGTAGACATCCAGGGGTCCCCTACATTGTTTTCCCTGgtaaatcttaatttgtattcaaaacatttaactgaataaaaataggtattcttaatcaactctttttccttatatgtaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G18270.2
intron # 34
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G18270.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 34
lower sequence: LOC_Os06g14740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 34
CGACGTGCACTTGTGATTGGTCAAGCCCTTGCTGGTGTTCCAGTATGGAAGTTAGGTCCAGAAAGTAGACATCCAGGGGTCCCCTACATTGTTTTCCCTGgtaa-----atcttaatttgtattcaaaacatttaactgaataaaaataggtattcttaatcaactctttttccttatatgtaacag------------
|| |||||    || || || |||||  | |||||||| ||  ||||| || | ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||     || || |||  | |||    | | |   |  | |||| |   | ||  |||| || |   | || | | |                    
CGGCGTGCCAAAGTAATGGGACAAGCTTTAGCTGGTGTCCCTTTATGGCAGCTTGGTCCTGAGAGTAGACATCCTGGTGTCCCTTACATTGTTTTTCCTGgtaagaaatatttttattcattttccgttcctattgatatagaaaatttaatcttaataataaagtaactgtcttgagactccctgaaaaaaaaaacag

upper sequence: AT1G18270.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 34
lower sequence: Vv17s0000g02140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 32
CGACGTGCACTTGTGATTGGTCAAGCCCTTGCTGGTGTTCCAGTATGGAAGTTAGGTCCAGAAAGTAGACATCCAGGGGTCCCCTACATTGTTTTCCCTGgtaaatcttaatttgtattcaaaacattt--aactgaataaaaataggtattcttaatcaactctttttccttatatgtaacag---------
 |||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||  | ||| || |||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||  | |  || |||| |     |||  || ||| |           ||  || |  |  | |||   |  ||     ||          
AGACGTGCTAAAGTAGTTGGGCAAGCCCTTGCTGGTGTTCCCTTGTGGCAGCTAGGCCCCGAAAGTAGACATCCAGGAGTTCCATATATTGTTTTCCCAGgtaaacatgagattatattgattttttttttaattgattttgttatatagtttctattgtaggcatttgattggtaaactgcaccttttttag