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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGTTAAAGGTAGCAGCACCAGCTCAAACCGCGGTTTTGTTCAAAGAACTCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAGgttacatgttcaatccttgtttgatctacttggttaagtagaattagctcaggactaatctctcctatctcttcacgtttgtgtttttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G58060.1
intron # 33
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116441496|gb|EG484088.1|EG484088
EST:     TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAG                         AAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
genomic: TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAGgttacatgtt ... tgtttttcagAAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
EST: gi|116481020|gb|EG523612.1|EG523612
EST:     TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAG                         AAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
genomic: TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAGgttacatgtt ... tgtttttcagAAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
EST: gi|19740787|gb|AU226140.1|AU226140
EST:     TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAG                         AAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
genomic: TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAGgttacatgtt ... tgtttttcagAAATCAGGTATTGTCCACAACGAAGTCGTCAAATCGATGGTTCATCTTCTT
EST: gi|125232879|gb|EL246964.1|EL246964
EST:     TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAG                         AAATCAGGTATTGTCCACAACG
genomic: TCCGGTTAACCCTCCATTCCATTCTCAAAGATCTTATCCGAAAACCTGAGgttacatgtt ... tgtttttcagAAATCAGGTATTGTCCACAACG