1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CTTATCTTAATCTTCCATCTGATGTTGTTCCTGCTACTTTGAAGAAGTCAGCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaactctttgcttaacccatttcatgtctggcaaaaactttttttttttttaatttgtttgacatggtttgggtttctttgtatttcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G52650.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|164001890|gb|ES107280.1|ES107280
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: TTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|164195955|gb|ES042584.1|ES042584
genomic: TTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCEST: gi|164026373|gb|ES074328.1|ES074328
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCC
EST: GCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|125310156|gb|EL324241.1|EL324241
genomic: GCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGEST: gi|47830738|gb|CK120422.1|CK120422
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|86085719|gb|DR381478.1|DR381478
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|124867528|gb|EH951965.1|EH951965
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: CCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|47828157|gb|CK117841.1|CK117841
genomic: CCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|47831024|gb|CK120708.1|CK120708
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|86075270|gb|DR371027.1|DR371027
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|86082450|gb|DR378209.1|DR378209
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|164122000|gb|EL976622.1|EL976622
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAEST: gi|163992488|gb|ES023877.1|ES023877
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGA
EST: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGGEST: gi|124933625|gb|EL010767.1|EL010767
genomic: GCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
EST: CCCACCTGGTGATCGCTCAAG AGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
genomic: CCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaact ... tgtatttcagAGGACCTCGCCATGAAGGAGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGACCGTGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTATCTTAATCTTCCATCTGATGTTGTTCCTGCTACTTTGAAGAAGTCAGCTAAGCCTGGTGGTCGTCCATTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCTCAAGgtgattaactctttgcttaacccatttcatgtctggcaaaaactttttttttttttaatttgtttgacatggtttgggtttctttgtatttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG