1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AAGTCGAAACAGAACCTGTGCAACGTCCACGCAAAACGTCAAAGTTTATGACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttttttggctgatacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G51940.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86075593|gb|DR371350.1|DR371350
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024725|gb|DR320478.1|DR320478
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024718|gb|DR320471.1|DR320471
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024719|gb|DR320472.1|DR320472
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024716|gb|DR320469.1|DR320469
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: CCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGACTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTWSAGACTGATCCACTTGEST: gi|163969230|gb|ES020432.1|ES020432
genomic: CCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCG-CTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTG-AGACTGATCCACTTG
EST: GTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTEST: gi|86024723|gb|DR320476.1|DR320476
genomic: GTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACT
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024715|gb|DR320468.1|DR320468
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024714|gb|DR320467.1|DR320467
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024721|gb|DR320474.1|DR320474
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024722|gb|DR320475.1|DR320475
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024720|gb|DR320473.1|DR320473
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024726|gb|DR320479.1|DR320479
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024730|gb|DR320483.1|DR320483
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024729|gb|DR320482.1|DR320482
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024713|gb|DR320466.1|DR320466
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024728|gb|DR320481.1|DR320481
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024717|gb|DR320470.1|DR320470
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|86024727|gb|DR320480.1|DR320480
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttct ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTCATGGTTGAGCTAGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGTCGAAACAGAACCTGTGCAACGTCCACGCAAAACGTCAAAGTTTATGACCAAGTATGAGCGTGCTCGTATCCTCGGCACTCGCGCTTTGCAGATTAGgtatggttcttgctactgagaacaatctttttaatgttaaattggcttgaaaagtttgagtcttaatgttgttttttggctgatacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT