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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTTGTCATGTAGGTTTGTCGCAACAAGAAAAGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttctaattttatattcttaactccaaaggtgttgatgatgtgatatatgacattcattattgtttttaacttttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G47900.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116435422|gb|EG478014.1|EG478014
EST:     AGCTTTGATTCGATTTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435445|gb|EG478037.1|EG478037
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435431|gb|EG478023.1|EG478023
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435441|gb|EG478033.1|EG478033
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435425|gb|EG478017.1|EG478017
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|86073277|gb|DR369034.1|DR369034
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435420|gb|EG478012.1|EG478012
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435443|gb|EG478035.1|EG478035
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116464699|gb|EG507291.1|EG507291
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435430|gb|EG478022.1|EG478022
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435432|gb|EG478024.1|EG478024
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATACATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116464698|gb|EG507290.1|EG507290
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435429|gb|EG478021.1|EG478021
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435479|gb|EG478071.1|EG478071
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435426|gb|EG478018.1|EG478018
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA
EST: gi|116435440|gb|EG478032.1|EG478032
EST:     AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAG                         GAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTNNNNN
genomic: AGCTTTGATTCGATCTTTGAAACTTCTATTACTTGGTCTTTTTCTCCAAGgtttggttct ... aacttttcagGAGGATTTATTCATGGTCTTAATAACTTAACTTATGGAATAGATGTAGAAA