1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaatttcgacccttgattacaattttgttatatatgaagtgaagctgagtttaagtgagcattgcattagggatctaaaggaacttccttttactgtaattttgaatcttgttttgttttggtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G27720.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050917|gb|DR346672.1|DR346672
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATGCAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|47831834|gb|CK121518.1|CK121518
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|47832106|gb|CK121790.1|CK121790
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|116449433|gb|EG492025.1|EG492025
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050907|gb|DR346662.1|DR346662
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050915|gb|DR346670.1|DR346670
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATGCAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050918|gb|DR346673.1|DR346673
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|116480858|gb|EG523450.1|EG523450
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATTCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050914|gb|DR346669.1|DR346669
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|116480849|gb|EG523441.1|EG523441
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGTEST: gi|86050916|gb|DR346671.1|DR346671
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGACATACAATGGGCATTTGGTGAATTGT
EST: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATG CTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGAGCATGCAATGGGCATTTGGTGAATTG
genomic: CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaa ... gttttggtagCTCGTGGAGCTTAAGAATGGAGAGA-CATACAATGGGCATTTGGTGAATTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTCCTCTATCGCTGCTTAAAACTGCTCAAGGGCATCCTATGgtgagtaaaatttcgacccttgattacaattttgttatatatgaagtgaagctgagtttaagtgagcattgcattagggatctaaaggaacttccttttactgtaattttgaatcttgttttgttttggtag
- - - - - GCTGCT