1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GCTGTTGCTGATATCATTCGTACAACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttctaaacacttcctcttttttttaggcttttcatatctctgtatgtgggtagtagatctctgtagtgagggaattaggtttagtgtttttagc...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G26360.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAG GGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCGEST: gi|86074170|gb|DR369927.1|DR369927
genomic: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttct ... atctttacagGGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCG
EST: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAG GGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCGEST: gi|125220638|gb|EL234723.1|EL234723
genomic: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttct ... atctttacagGGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCG
EST: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAG GGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTAEST: gi|47830309|gb|CK119993.1|CK119993
genomic: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttct ... atctttacagGGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTA
EST: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAG GGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCG
genomic: AACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttct ... atctttacagGGATTGTTGTTACTAATGATGGGAATGCTATTCTTCGTGAGCTAGATGTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTGTTGCTGATATCATTCGTACAACATTGGGTCCTCGTTCTATGTTGAAGATGCTTCTTGATGCTGGTGGAGgtctttttctaaacacttcctcttttttttaggcttttcatatctctgtatgtgggtagtagatctctgtagtgagggaattaggtttagtgtttttagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcctct