1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TCAAAAGGACAAGAGATTTAGCGGTTCTGTGAAATTGCCTCACGTTCCTAGGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcacttttttccgccttttcttttgaaaatgttatgattagtacttagtagtatagtactataacttgcggttggtttacttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G22440.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049654|gb|DR345409.1|DR345409
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049657|gb|DR345412.1|DR345412
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049659|gb|DR345414.1|DR345414
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|116413756|gb|EG456348.1|EG456348
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049655|gb|DR345410.1|DR345410
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049653|gb|DR345408.1|DR345408
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|116413757|gb|EG456349.1|EG456349
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049652|gb|DR345407.1|DR345407
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86049658|gb|DR345413.1|DR345413
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGEST: gi|86080991|gb|DR376748.1|DR376748
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GTGATGCCCAGCACGTCGAAGA- GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAG-TGEST: gi|86049656|gb|DR345411.1|DR345411
genomic: GTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
EST: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAG GCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
genomic: GGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcactttt ... gtttacttagGCTGAGAAGATTGGATTGGAATCTATGGATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCAAAAGGACAAGAGATTTAGCGGTTCTGTGAAATTGCCTCACGTTCCTAGGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcacttttttccgccttttcttttgaaaatgttatgattagtacttagtagtatagtactataacttgcggttggtttacttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA