1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTTCCCTGGAAAGGCCGTTGGAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttacttgaatgctttattctttattaccatagtcgtagaccttagaaaaagggtaatgaatgtagtttggaactatgatttgaaaggtgatatt...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G19510.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGEST: gi|124816665|gb|EH901531.1|EH901531
genomic: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTG
EST: CTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTCTTTGGTGACEST: gi|125101876|gb|EL156857.1|EL156857
genomic: CTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTCTTTGGTGAC
EST: TTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCEST: gi|124831347|gb|EH915786.1|EH915786
genomic: TTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGC
EST: CTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGNTCTCTTTGGTGACEST: gi|125223452|gb|EL237537.1|EL237537
genomic: CTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTCTTTGGTGAC
EST: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATEST: gi|164011544|gb|ES123715.1|ES123715
genomic: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGAT
EST: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCEST: gi|125195681|gb|EL210635.1|EL210635
genomic: GAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGC
EST: AGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGEST: gi|163991281|gb|ES161558.1|ES161558
genomic: AGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATG
EST: GCTGCTGCTGCTCCAGCNGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGEST: gi|164032233|gb|ES152268.1|ES152268
genomic: GCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATG
EST: GCTGTTGAAGCTGAG GCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTCTTTGGTGAC
genomic: GCTGTTGAAGCTGAGgtacctttac ... ttgtcaacagGCACCTGCAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTCTTTGGTGAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTCCCTGGAAAGGCCGTTGGAGTACAATTCGGTGGCTCTGCTGCTGCTGCTCCAGCTGTTGAAGCTGAGgtacctttacttgaatgctttattctttattaccatagtcgtagaccttagaaaaagggtaatgaatgtagtttggaactatgatttgaaaggtgatatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agaaaaa