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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGCTCGAATGCGTTATGTTTATGAAGATACACCGTTTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAGgtacttacaatattctaatctacttattgtctacggatacatttgaagcttagccttatagttatttttcatatgtgagaagttacttggtttgagtgttatatatcacctaaaagcgtaattttttttacagttaggaatatacacaaactattaagttgcagttttgatgaagaatgcactgtttatttgtacatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G08650.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125214224|gb|EL228786.1|EL228786
EST:     TTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAG                         GTTTCCCGATCTCTTGCTGC
genomic: TTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAGgtacttacaa ... ttgtacatagGTTTCCCGATCTCTTGCTGC
EST: gi|124967896|gb|EL041895.1|EL041895
EST:     CAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAG                         GTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTNCTCTTCTTGTTG
genomic: CAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAGgtacttacaa ... ttgtacatagGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTG
EST: gi|124897361|gb|EH973575.1|EH973575
EST:     TTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAG                         GTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTT
genomic: TTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTGATTTCTCTTACGAGgtacttacaa ... ttgtacatagGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTT