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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTATCTTAACCTTCCTTCCGATGTTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcatctttaaatcccttgacctgtccggtctgagggattggctaatttctgatattgttttggcttttgttttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25740.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G25740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA05G37470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CTTATCTTAACCTTCCTTCCGATGTTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcatctttaaatccc---ttgacct---gtccg-gtctgagggattg--gctaatttctgatattgttttggcttttgttttcag---------
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CTTACCTTAACCTTCCTTCCGAAATTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAGCAAGCCAAGCCACCTGGCAGGCCCTTTGGAGGCCCATCCGGTGATCGCCCTAGgtattctattttccctattctattttggtttagtatcaatgtcatagagatcaaagtagataatgggagtagtatatgaaatcattgtgtaattgattga

upper sequence: AT4G25740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G02070.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CTTATCTTAACCTTCCTTCCGATGTTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcatctttaaatcccttgacctgtccggtctgagggattg-gctaatttctgatattgttt-tggcttttgttttcag----------------
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CTTACCTTAACCTTCCTTCCGAAATTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAACAGGCCAAGCCACCTGGCAGGCCCTTTGGCGGCCCATCCGGTGATCGCCCTAGgtattctattttccctattctattcggtttggtatcaatacaatggagatcaaagtagataatgtgagtggtatatgaaatcattgtgtaattcattgaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164142660|gb|ES018500.1|ES018500
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EST: gi|86053935|gb|DR349692.1|DR349692
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EST: gi|86053936|gb|DR349693.1|DR349693
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGAT
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGAT
EST: gi|86053929|gb|DR349686.1|DR349686
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053946|gb|DR349703.1|DR349703
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTT
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EST: gi|86053919|gb|DR349676.1|DR349676
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EST: gi|86053985|gb|DR349742.1|DR349742
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EST: gi|86053912|gb|DR349669.1|DR349669
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EST: gi|86053964|gb|DR349721.1|DR349721
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EST: gi|86075921|gb|DR371678.1|DR371678
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EST: gi|86053989|gb|DR349746.1|DR349746
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EST: gi|86053967|gb|DR349724.1|DR349724
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053944|gb|DR349701.1|DR349701
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EST: gi|86053908|gb|DR349665.1|DR349665
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EST: gi|86053930|gb|DR349687.1|DR349687
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EST: gi|86053901|gb|DR349658.1|DR349658
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EST: gi|86053986|gb|DR349743.1|DR349743
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EST: gi|86053918|gb|DR349675.1|DR349675
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EST: gi|86053905|gb|DR349662.1|DR349662
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACC
EST: gi|86081565|gb|DR377322.1|DR377322
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053956|gb|DR349713.1|DR349713
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
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EST: gi|125153772|gb|EL184740.1|EL184740
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053952|gb|DR349709.1|DR349709
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053970|gb|DR349727.1|DR349727
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EST: gi|86053900|gb|DR349657.1|DR349657
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EST: gi|86053913|gb|DR349670.1|DR349670
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCG
EST: gi|86053981|gb|DR349738.1|DR349738
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053958|gb|DR349715.1|DR349715
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCC-AGATTTGGTG
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTG
EST: gi|86053898|gb|DR349655.1|DR349655
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EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGA
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGA
EST: gi|86053947|gb|DR349704.1|DR349704
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGAT
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGAT
EST: gi|86053982|gb|DR349739.1|DR349739
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
EST: gi|86053993|gb|DR349750.1|DR349750
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACC
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EST: gi|47828785|gb|CK118469.1|CK118469
EST:     GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAG                         AGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
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genomic: GCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcat ... ttgttttcagAGGACCACCTCGCTCTGATGGAGACCGTCCCAGATTTGGTGACCGTGATGG
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CTTATCTTAACCTTCCTTCCGATGTTGTCCCTGCTACTTTGAAGAAGTCTGCTAAGCCCGGTGGTCGTCCCTTTGGTGGCCCACCTGGTGATCGCCAAAGgtagtttcatctttaaatcccttgacctgtccggtctgagggattggctaatttctgatattgttttggcttttgttttcag

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