Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGTAGGAATTTATTGATGTATCCTAGAGGAGCATCTAATGTGCGTTGTGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgatttctttgttgaatttgaattgaggatgaggttaatatgctctgcaattgtattataacttgggttctgattctgaatacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G20380.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125080317|gb|EL141964.1|EL141964
EST:     CGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTA
genomic: CGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTA
EST: gi|125301003|gb|EL315088.1|EL315088
EST:     CAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
genomic: CAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
EST: gi|125238615|gb|EL252700.1|EL252700
EST:     TGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
genomic: TGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
EST: gi|152037987|gb|BP804959.2|BP804959
EST:     TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCAC-TCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACG
genomic: TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACG
EST: gi|301502089|gb|HO207629.1|HO207629
EST:     TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
genomic: TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
EST: gi|47830281|gb|CK119965.1|CK119965
EST:     TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACG                         ACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC
genomic: TGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgattt ... ctgaatacagACATGGCACACATTATATGTGGTGGTTGTAGAACAATGCTTATGTATACGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTGTAGGAATTTATTGATGTATCCTAGAGGAGCATCTAATGTGCGTTGTGCGTTATGTAACACTATCAACATGGTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCACGgtatcgatttctttgttgaatttgaattgaggatgaggttaatatgctctgcaattgtattataacttgggttctgattctgaatacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC