1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaacttcttaaagttcatctttgtttgtgttgtgttatggtgttgactgtatttggttgtttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G10610.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCACTGAGGAGCANNNNNGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTNNNNNNNTATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCEST: gi|86046043|gb|DR341798.1|DR341798
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTT-GCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTA-TATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGC
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCCACTCAGTACTTAGGTTTGCTEST: gi|86046079|gb|DR341834.1|DR341834
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGGGATCCCAACTCAGTACTTEST: gi|116466690|gb|EG509282.1|EG509282
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTT
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCTEST: gi|86046059|gb|DR341814.1|DR341814
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCTEST: gi|116466689|gb|EG509281.1|EG509281
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCTEST: gi|116412046|gb|EG454638.1|EG454638
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
EST: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAG GTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
genomic: GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaa ... ggttgtttagGTTGTTGACTGTCGTATATGTGGTGATCCCAACTCAGTACTTAGGTTTGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTTATCGGCTTTGGACAGgtttaagcaacttcttaaagttcatctttgtttgtgttgtgttatggtgttgactgtatttggttgtttag
- - - GAGGAG
- - - - GGAGCA
- - - - GAGCAG
- - - - - GCAGCT