Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G10340.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G28200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagt-agattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtag
 |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||| ||||| |  | |  ||   |   || |  | |  ||| ||   |  | || ||     |   |      |  | ||||||  || |||  | |  | ||||
CTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAAGACTTTGCCAAgtatgccaaacactcacaatttagatatct-atgtatgtgctatgttacattagctgtgctctaatgttgggttggttggttgatgg-tctaat-gtag

upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G33030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagta-gattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtag
 |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  | ||| | ||||| |    |  ||   |   || |  | |  ||| ||  ||  | || ||   | | |||      |  | ||| ||  || |||        || ||
CTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAAGATTTTTCCAAgtatgcctaacactcccaatttagatatct-atgtatgtgttatgttacattagttgtattctaatgttggtttgattggttgatg--ctctaatgcag

upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G35530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtag
||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| |||| || ||||| ||| | ||    |     |    | | | | | |  |||  |         || || |  |||| | | | || | | |||| |||| | | ||
TTATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacactcagaaagttaga--tatctatatatacactgaaatgc------tgagttag--attatgttagattatctgatga-tgtgat-gcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86081972|gb|DR377731.1|DR377731
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124934072|gb|EL011173.1|EL011173
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATG
EST: gi|164194836|gb|ES002014.1|ES002014
EST:     GTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: GTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124915149|gb|EH989023.1|EH989023
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAG
EST: gi|124845486|gb|EH929923.1|EH929923
EST:     TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125212803|gb|EL227757.1|EL227757
EST:     AGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125078246|gb|EL140709.1|EL140709
EST:     CCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
genomic: CCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC-TTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
EST: gi|124786718|gb|EH876397.1|EH876397
EST:     ATGGTTATGACCCATTTGGTCCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAA
genomic: ATGGTTATGACCCATTTGGTC-TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAA
EST: gi|164215928|gb|ES033687.1|ES033687
EST:     GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
genomic: GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
EST: gi|124750050|gb|EH840180.1|EH840180
EST:     TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATAGTTAGGAGCAG
genomic: TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTAT-GTTAGGAGCAG
EST: gi|125014230|gb|EL086499.1|EL086499
EST:     AACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125036268|gb|EL108537.1|EL108537
EST:     TATGGTTATGAACCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
EST: gi|125193101|gb|EL208055.1|EL208055
EST:     GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
genomic: GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC-TTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
EST: gi|124930750|gb|EL008171.1|EL008171
EST:     TGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124944447|gb|EL020546.1|EL020546
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
EST: gi|125113799|gb|EL164485.1|EL164485
EST:     CCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCNGC
genomic: CCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|164059849|gb|ES161876.1|ES161876
EST:     GCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: GCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|116474479|gb|EG517071.1|EG517071
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|116474510|gb|EG517102.1|EG517102
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125087811|gb|EL146807.1|EL146807
EST:     ATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTAGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATT
genomic: ATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCT-GAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATT
EST: gi|124751551|gb|EH841681.1|EH841681
EST:     GGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGACGGGCT
genomic: GGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCT
EST: gi|125205009|gb|EL219963.1|EL219963
EST:     TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGA
genomic: TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGA
EST: gi|125206097|gb|EL221051.1|EL221051
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGG
EST: gi|124842829|gb|EH927266.1|EH927266
EST:     GAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: GAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125129572|gb|EL173267.1|EL173267
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAA
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAA
EST: gi|116402169|gb|EG444761.1|EG444761
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125309079|gb|EL323164.1|EL323164
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGG
EST: gi|124977907|gb|EL051177.1|EL051177
EST:     ACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: ACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125095454|gb|EL152582.1|EL152582
EST:     GTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: GTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124744395|gb|EH835557.1|EH835557
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGC
EST: gi|116399249|gb|EG441841.1|EG441841
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGCTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|116467517|gb|EG510109.1|EG510109
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125272514|gb|EL286599.1|EL286599
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAA-GAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCA
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCA
EST: gi|124968304|gb|EL042269.1|EL042269
EST:     ACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: ACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124957973|gb|EL032754.1|EL032754
EST:     GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGC
genomic: GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGC
EST: gi|125184135|gb|EL199089.1|EL199089
EST:     GACCCATTTGGTNTTGG-AAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125149196|gb|EL182481.1|EL182481
EST:     CCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: CCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125046433|gb|EL118702.1|EL118702
EST:     CCATTTGGTCTTGG-AAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
genomic: CCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
EST: gi|124749909|gb|EH840039.1|EH840039
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTT
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTT
EST: gi|125273461|gb|EL287546.1|EL287546
EST:     CCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: CCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124789792|gb|EH879471.1|EH879471
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTCGCTAA                         ATAACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATA-CCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCG
EST: gi|116399289|gb|EG441881.1|EG441881
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGCTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124744367|gb|EH835529.1|EH835529
EST:     AAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAAG
genomic: AAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCA-G
EST: gi|124714954|gb|EH806356.1|EH806356
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
EST: gi|125212120|gb|EL227074.1|EL227074
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATT
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATT
EST: gi|124819918|gb|EH904784.1|EH904784
EST:     GGTTATGACCCATTTAGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAG
genomic: GGTTATGACCCATTT-GGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAG
EST: gi|125276483|gb|EL290568.1|EL290568
EST:     TGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
genomic: TGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
EST: gi|125158775|gb|EL187205.1|EL187205
EST:     TTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125264752|gb|EL278837.1|EL278837
EST:     TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124973824|gb|EL047425.1|EL047425
EST:     ACCCATTTGGTTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
genomic: ACCCATTTGG-TCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGC-TTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
EST: gi|125060653|gb|EL129330.1|EL129330
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
EST: gi|124926895|gb|EL004680.1|EL004680
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTG
EST: gi|124825884|gb|EH910750.1|EH910750
EST:     TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGAATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
genomic: TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGA-TCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAG
EST: gi|125111224|gb|EL162793.1|EL162793
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGAT
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGAT
EST: gi|125122987|gb|EL169436.1|EL169436
EST:     TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124979152|gb|EL052237.1|EL052237
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGA
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGA
EST: gi|125055256|gb|EL125570.1|EL125570
EST:     GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
genomic: GACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAG
EST: gi|164152922|gb|EL979456.1|EL979456
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGT
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGT
EST: gi|124722826|gb|EH814228.1|EH814228
EST:     CTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAGGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: CTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124888139|gb|EH967041.1|EH967041
EST:     AACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124924215|gb|EL002333.1|EL002333
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTAGAATTGATCCATGCGAGATGG
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTT-GAATTGATCCATGCGAGATGG
EST: gi|86080759|gb|DR376516.1|DR376516
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125142449|gb|EL179745.1|EL179745
EST:     AAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125308043|gb|EL322128.1|EL322128
EST:     AACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125208884|gb|EL223838.1|EL223838
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGA
EST: gi|125175301|gb|EL195435.1|EL195435
EST:     AACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTT-GGAGCAGC
genomic: AACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125083752|gb|EL144203.1|EL144203
EST:     AACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGANCCANGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|124722691|gb|EH814093.1|EH814093
EST:     GCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAAGCA
genomic: GCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAA-GCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGA-GCA
EST: gi|124959771|gb|EL034475.1|EL034475
EST:     TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGAATCCATGCGAGATGGGCTATGT
genomic: TATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGA-TCCATGCGAGATGGGCTATGT
EST: gi|124959481|gb|EL034185.1|EL034185
EST:     AGCCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: AGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
EST: gi|125116788|gb|EL166188.1|EL166188
EST:     CCTGAGAACTTTGCTAA                         ATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC
genomic: CCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagat ... gtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAAgtaagtagattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtag

- - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC