1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TTGAGCTTTATGCCGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatttctctagttcgtttgctatgttactttgtttgatcagtttagtttatcattagagactgatttggataggttactagtgtatataagcat...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G53870.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGEST: gi|116450432|gb|EG493024.1|EG493024
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|47829794|gb|CK119478.1|CK119478
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|164029771|gb|ES192429.1|ES192429
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: GTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|47832087|gb|CK121771.1|CK121771
genomic: GTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGCGTTGAGGATTGTTATGGAGAGEST: gi|125310179|gb|EL324264.1|EL324264
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAG
EST: CTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAGGGGATGEST: gi|125126963|gb|EL172030.1|EL172030
genomic: CTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAGGGGATGEST: gi|124991043|gb|EL063312.1|EL063312
genomic: CGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGEST: gi|125026514|gb|EL098783.1|EL098783
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGEST: gi|164034933|gb|ES135635.1|ES135635
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGG
EST: GGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|86087971|gb|DR383730.1|DR383730
genomic: GGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|125316505|gb|EL330590.1|EL330590
genomic: CTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAAGAGTGGAGCTAAGGGATEST: gi|124777188|gb|EH867131.1|EH867131
genomic: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGA-GAGTGGAGCTAAGGGAT
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGEST: gi|125258945|gb|EL273030.1|EL273030
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATG
EST: CGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|125278656|gb|EL292741.1|EL292741
genomic: CGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|164005621|gb|ES000299.1|ES000299
genomic: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGEST: gi|116445202|gb|EG487794.1|EG487794
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|164002688|gb|ES062368.1|ES062368
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: GGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCEST: gi|124872910|gb|EH954555.1|EH954555
genomic: GGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGC
EST: TACGTTACAAGCTCCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|125215708|gb|EL229792.1|EL229792
genomic: TACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: AGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|164121985|gb|ES167414.1|ES167414
genomic: AGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: GGCTGAGTCTTTACGTTACTAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|125291844|gb|EL305929.1|EL305929
genomic: GGCTGAGTCTTTACGTTAC-AAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|116449038|gb|EG491630.1|EG491630
genomic: TCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|124934681|gb|EL011732.1|EL011732
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGEST: gi|164170278|gb|ES038959.1|ES038959
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAG
EST: TTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGEST: gi|116454700|gb|EG497292.1|EG497292
genomic: TTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
EST: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAG GGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
genomic: CAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatt ... tgttgtatagGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGAGCTTTATGCCGAGAAGGTTAACAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTTTACGTTACAAGCTTCTTGGTGGTCTCGCTGTTCGTAGgtacgacatttctctagttcgtttgctatgttactttgtttgatcagtttagtttatcattagagactgatttggataggttactagtgtatataagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atttctct