Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTAGGAAGCACAAAGATCTTTACATGTGGATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtctccagctcctcttatttggtttcaaaataagtgactgatggatataataatactttgggtaatgatgagtttatcaatttgtatcgtctctgagtagtgtttctgtaaatttctgtatggtgaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G15460.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86031713|gb|DR327466.1|DR327466
EST:     GATGGTGAAGTCCC-TGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTG                         TTTCACACAATGGAG
genomic: GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtc ... tatggtgaagTT-CACACAATGGAG
EST: gi|86031712|gb|DR327465.1|DR327465
EST:     GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTG                         TTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGA
genomic: GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtc ... tatggtgaagTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGA
EST: gi|86031714|gb|DR327467.1|DR327467
EST:     GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTG                         TTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAATCATCTGAAAGGTTCAC
genomic: GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtc ... tatggtgaagTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAATCATCTGAAAGGTTCAC
EST: gi|86031711|gb|DR327464.1|DR327464
EST:     GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTG                         TTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGG
genomic: GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtc ... tatggtgaagTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGG
EST: gi|86031708|gb|DR327461.1|DR327461
EST:     GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTG                         TTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGG
genomic: GATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtc ... tatggtgaagTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTAGGAAGCACAAAGATCTTTACATGTGGATGGTGAAGTCCCCTGGTGGACCTTCCGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGgtaatttgtctccagctcctcttatttggtttcaaaataagtgactgatggatataataatactttgggtaatgatgagtttatcaatttgtatcgtctctgagtagtgtttctgtaaatttctgtatggtgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG