Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G13920.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G05580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag-----------
   || || ||||||   || || || || ||||| || |||  ||| ||||||||||| |||||  | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||   |    | || ||    | |   |||   || | ||| | |||     |  || | |       |  |   |     || ||           
ACTGATGGGCAAGAT---TTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAAAGCTTTGATGCTATGGGATTGCAGGAGAACCTTCTGAGGGGTATTTATGCATATGgtatgttcattaatattttaatttacaacaattttaaatct-tgtttgagaaatttaatttctattggttaggtctgcatcaaacctgagattaatttaca

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G03020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtc-ttagattagaacattatct-catgcgtgcttctgttttttcttag----------
   || ||||||||    || ||||| || |||||||| ||  |||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || || |||||||||||||||       ||  ||      | | ||||  ||   |||| |  |||     ||| | ||     ||||    ||        ||||            
GCTGATGGACAAGA---ATTTTTCACTTCATATGATGAAGTCTATGATAGTTTTGATGCAATGGGCCTTCAAGAAAATCTTCTCAGAGGCATATATGCTTATGgtatg-acaagtgatgtttcctttgtt-tcttcagttgcttatttaattattgaggaatactaggaatatgctcttttaaacacactcttgacaacgggttc

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G16570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatg--tcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag--------
   || ||||| ||    ||||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| || |||||| | || || || ||||||||||| ||||| || |||||||| |          |   |     |  | || ||| || ||   | ||  || |  | |  | |   |  || ||    || ||    ||        
TCTGATGGACAGGAC---TTCTTCACATCCTATGACGAGGTTTATGATAGTTTTGACGCTATGGGTTTGCAGGAAAATCTTCTCAGGGGAATTTACGCATATGgtattttaaatattcttcctatggattgccattggtgtttcattgttttttaatgaataaaccaccaattttgtcctcaaattattgaacagtctctaac

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G05580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt--aggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag---------
   || || ||||||   || || || || ||||| || |||  ||| ||||||||||| |||||  | || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||   |  |   | |||||    | ||  ||| |  ||  ||| | |||     |  || | |  |       |   |    ||| ||         
ACTGATGGGCAAGAT---TTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAAAGCTTTGATGCTATGGGATTGCAGGAGAACCTTCTGAGGGGTATTTATGCATACGgtatgttcattaatatatttgaatgtacgataattt-tagttcttgtttgagaactttagtttctattgtttagctctgcatcaaatctgagattaattta

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G06110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtg-taggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttat--gtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag-------
   || ||||| ||    ||||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| || |||||| | || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| | |  ||     |      |  |  | || ||| |||||   | ||  || |  | |  | |   |  || ||     | ||   ||        
TCTGATGGACAGGAC---TTCTTCACATCCTATGACGAGGTTTATGATAGTTTTGACGCTATGGGTTTGCAGGAGAATCTTCTCAGGGGAATTTACGCATACGgtatttttaatattctttcttgggatttgccattggtgttttattgttttttaatgaataaaccaccaattttgtcctcaaactattgagtatctatcag

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G07530.3 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgattt-atgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag----------
   || || || |||   |||||||||||||| ||||| ||| |||| || |||||||| |||||  | |||||||| || || || || |||||||| |||||||  | |        ||       ||  ||||| | |||| || |   | |  |  |  |||| |  |   |  |  || |     ||            
TCCGATGGTCAGGAT---TTCTTCACATCCTACGATGAGGTTTATGACAGTTTTGATGCTATGGGCTTGCAAGAGAATCTCCTGAGAGGCATTTATGCATATGgtagatttaactttctttatgtcctcttacttttttaattttattttccaaaccaaga-gttattttgtattttatcgtgatgacaattgtaatttttttt

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G20300.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttg-----tgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag------
   || || |||||    |||||||| || |||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||  | |||||||| |||||  | || || ||||||||||||||||   | | |  |||  |   |  | ||||      | ||| || |||   |      |  |  |||       |||     ||   |||       
ACTGATGGGCAAGA---ATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATATGCTTATGgtatgtac-tggcatattgtgatccccttattttaaatgtttattcatatctgttacagtgccgattgctctgagagactttaaaattcagttaaaaatat

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G00950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatt-tatgtcttagattagaacattatctcatgcgtg---cttctgttttttcttag--------
   || || |||||    |||||||| || ||||| || ||  |||| |||||||||||||||||  | |||||||| |||||  | || || ||||||||||||||||   | | |  ||||      ||| ||   || || ||  | |  | ||  |   | |  |  |  | |   |||     ||   |||         
ACTGATGGGCAAGA---ATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATATGCTTATGgtatgtac-tggcatattgatccccatattttaaatgcttatacatatctg-ttgcagtgtcaattgctctgcgagactttaaaattcagttaaaagtataa

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G42360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatg--------tgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaa---cattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag
   || ||||||||    || ||||| || ||||| || ||  |||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||        | | |     |||     |  |   | || | |||  |||   | | ||| |    | ||| | |  |   ||  ||    |   | |
GCCGATGGACAAGA---ATTTTTCACTTCATATGACGAAGTCTATGATAGTTTTGATGCAATGGGCCTTCAAGAAAATCTTCTGAGAGGCATATATGCTTATGgtatggcaaattatttttcctttctttcttcaattgcttatt-taattcttgtggaatactaggaatatactattttaaacacactcttgacaatgggttg

upper sequence: AT3G13920.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv11s0016g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
---GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatg---cgtgcttctgttttttcttag-------
   || ||||| |||   ||||||||||| |||||||| ||| |||| || |||||| | |||||| | |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||      |      |  | |    | |||||   | ||| | | |||   |  |  |||   | |     | ||||||  |  |   | |        
ACTGATGGACAGGAT---TTCTTCACATCTTATGATGAGGTTTATGATAGTTTTGATTCTATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTCAGAGGCATTTATGCATATGgtagaccaatcatgtttcaatattattttctttctaggtttttttattatgatgtatgattgcttgaaatctcttgcttccatgatcaatcaatggttta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86034984|gb|DR330737.1|DR330737
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034973|gb|DR330726.1|DR330726
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|116436248|gb|EG478840.1|EG478840
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035139|gb|DR330892.1|DR330892
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034992|gb|DR330745.1|DR330745
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCT-ATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034913|gb|DR330666.1|DR330666
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035064|gb|DR330817.1|DR330817
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034985|gb|DR330738.1|DR330738
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035170|gb|DR330923.1|DR330923
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034997|gb|DR330750.1|DR330750
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGSTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035066|gb|DR330819.1|DR330819
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|164025979|gb|ES152212.1|ES152212
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034888|gb|DR330641.1|DR330641
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034967|gb|DR330720.1|DR330720
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|47829698|gb|CK119382.1|CK119382
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035051|gb|DR330804.1|DR330804
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035130|gb|DR330883.1|DR330883
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035092|gb|DR330845.1|DR330845
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034884|gb|DR330637.1|DR330637
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034857|gb|DR330610.1|DR330610
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGGAATCGTCCCCTTCTGT
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGA-GGAATCGTCCCCTTCTGT
EST: gi|124730343|gb|EH821745.1|EH821745
EST:     CAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: CAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|116420410|gb|EG463002.1|EG463002
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035131|gb|DR330884.1|DR330884
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035037|gb|DR330790.1|DR330790
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|116403403|gb|EG445995.1|EG445995
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86034886|gb|DR330639.1|DR330639
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035054|gb|DR330807.1|DR330807
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|86035070|gb|DR330823.1|DR330823
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: gi|164093426|gb|EL983712.1|EL983712
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATT
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATT
EST: gi|124873575|gb|EH955220.1|EH955220
EST:     TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGC
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA