1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G13920.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034937|gb|DR330690.1|DR330690
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTSTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTYGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCNAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTEST: gi|86035064|gb|DR330817.1|DR330817
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGC-AAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGT
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035170|gb|DR330923.1|DR330923
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035160|gb|DR330913.1|DR330913
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTSAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGEST: gi|86035037|gb|DR330790.1|DR330790
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAG
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|47829698|gb|CK119382.1|CK119382
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034857|gb|DR330610.1|DR330610
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGGAATCGTCCCCTTCTGTEST: gi|116403403|gb|EG445995.1|EG445995
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGG-AATCGTCCCCTTCTGT
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034967|gb|DR330720.1|DR330720
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|164025979|gb|ES152212.1|ES152212
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035054|gb|DR330807.1|DR330807
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035092|gb|DR330845.1|DR330845
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034880|gb|DR330633.1|DR330633
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035139|gb|DR330892.1|DR330892
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|116436248|gb|EG478840.1|EG478840
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034992|gb|DR330745.1|DR330745
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCT-ATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|124730343|gb|EH821745.1|EH821745
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: CAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035125|gb|DR330878.1|DR330878
genomic: CAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGEST: gi|86035051|gb|DR330804.1|DR330804
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAG
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034997|gb|DR330750.1|DR330750
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGSTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|116420410|gb|EG463002.1|EG463002
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035130|gb|DR330883.1|DR330883
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034913|gb|DR330666.1|DR330666
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034888|gb|DR330641.1|DR330641
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034886|gb|DR330639.1|DR330639
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86034984|gb|DR330737.1|DR330737
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|86035070|gb|DR330823.1|DR330823
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTAEST: gi|164093426|gb|EL983712.1|EL983712
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTCAGCAAAGAGGAATCGTCCCCTTCTGTA
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATTEST: gi|124873575|gb|EH955220.1|EH955220
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGCCTTCTGCTATT
EST: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATG GTTTTGAGAAGC
genomic: TGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgt ... tttttcttagGTTTTGAGAAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGGGACAAGATGAGTTCTTCACATCCTATGATGATGTTCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTCTTCAAGAGAACCTTCTCAGGGGTATTTATGCTTATGgtatgtgtgtaggaacttgaaaaagctatcttttgtgatttatgtcttagattagaacattatctcatgcgtgcttctgttttttcttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA