Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATGTCGTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTCAACCAATATACGGTCTATgtgagctcaatatgaatatacccttttatgaattcatcaatgtgtgtgagagatactaagctattcccacttttgcatgtagttattaatcttgtttggtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G12520.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G12520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g06499.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GCAATGTCGTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTCAACCAATATACGGTCTATgtgagctcaatatgaatatacccttttatgaattc-atcaatgtgtgtgagagatactaagctattcccacttttgcatgtagttattaatcttgtttggtgcag---
|||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||     |||  ||||   |||||   | | |  ||  |||  ||     ||| |    | |        ||    ||   |||     ||   |||   |    
GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaag-----tatttatat---cttttgcaactcctgtctttgta-gttttttatatttgtatgtctttgagcttaatcgttagtatgctatttccatggctgaacag

upper sequence: AT3G12520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0019g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GCAATGTCGTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTCAACCAATATACGGTCTATgtgagctcaatatgaatatacccttttatgaatt-catcaatgtgtgtgagagatactaagctattcccacttttgcatgtagttattaatcttgtttggtgcag
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||| || |    ||||  | |    ||  | |  | |||   | | |||     ||  | ||       |  || || || |  || | |  ||       ||   
GCAATGTCTTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTGAACCAATATATGGACTTTgtaagtttttcatgagaacatttattgctaatctacatggttatatgt-----atcttgagggggaaactgttatgtatatccttgtaatcctatcacaatgtga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19877624|gb|AU238455.1|AU238455
EST:     GCAATGTCGTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTCAACCAATATACGGTCTAT                         ACTCCTCATTTGTGCCGGTATTCGTGTATGCCGTCTTCGGTTCATCCCGTC
genomic: GCAATGTCGTATGCAAGGTTAGCTGGGCTTCAACCAATATACGGTCTATgtgagctcaa ... tttggtgcagACTCCTCATTTGTGCCGGTATTCGTGTATGCCGTCTTCGGTTCATCCCGTC