1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAAAGAGCTTCACTCTTATGAGAAAGAAGTTGAGAGAGAAGCGGCTAAGACTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagatttcattgtttatctctctgtattcgaagattcggagcccgtctttgttcgtcagaatctagaaatgctgtgttgtgctgtgtttagacttggtttttcctaatctgtgtatgtggtgatgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G30410.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGTEST: gi|164124514|gb|ES017761.1|ES017761
genomic: CTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
EST: TGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAA-TGTGTTGGGTEST: gi|47831397|gb|CK121081.1|CK121081
genomic: TGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGT
EST: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGTEST: gi|125014068|gb|EL086337.1|EL086337
genomic: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
EST: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTEST: gi|125013737|gb|EL086006.1|EL086006
genomic: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGT
EST: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATEST: gi|125099750|gb|EL155449.1|EL155449
genomic: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGAT
EST: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGEST: gi|124864196|gb|EH948633.1|EH948633
genomic: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCG
EST: CTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGEST: gi|124908815|gb|EH982895.1|EH982895
genomic: CTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACG
EST: TGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGTEST: gi|164217100|gb|ES037804.1|ES037804
genomic: TGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
EST: TGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTEST: gi|86074489|gb|DR370246.1|DR370246
genomic: TGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGT
EST: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGTEST: gi|124837160|gb|EH921599.1|EH921599
genomic: CTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
EST: TGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAG GAAGATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
genomic: TGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagattt ... ggtgatgcagGAAAATGTGTTGGGTGAGTCTAGGATGATGATTCCGGATTGCCACAAACGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAAGAGCTTCACTCTTATGAGAAAGAAGTTGAGAGAGAAGCGGCTAAGACTGCTGATATGAAGGACAAAGGTGCTGATCCCTACGACCTTAAACAACAGgtacagatttcattgtttatctctctgtattcgaagattcggagcccgtctttgttcgtcagaatctagaaatgctgtgttgtgctgtgtttagacttggtttttcctaatctgtgtatgtggtgatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT