1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GTATGATCTTTTGGATATTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgcaacttttggttagggacaacttcagatttatgatcttctttcttgtctgttgtcacctaactctagcaaaacttaatttttatgtgatgtttccttttagtatgtacattttggtatgatgtctaagttattggtctatcattttctcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G30200.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAG CCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGTEST: gi|116380515|gb|EG423107.1|EG423107
genomic: CAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgc ... attttctcagCCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGT
EST: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAG CTTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGTEST: gi|125196402|gb|EL211356.1|EL211356
genomic: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgc ... attttctcagCCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGT
EST: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAG CCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTEST: gi|116380445|gb|EG423037.1|EG423037
genomic: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgc ... attttctcagCCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTT
EST: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAG CCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGT
genomic: TTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgc ... attttctcagCCTGCTATTTATGTCACAAGTTTAGCAGCAGTTGAATTGCTCCGTGTTCGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATGATCTTTTGGATATTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAGCTTGATTCTACGGTCATAAGCCAGgtatctttgcaacttttggttagggacaacttcagatttatgatcttctttcttgtctgttgtcacctaactctagcaaaacttaatttttatgtgatgtttccttttagtatgtacattttggtatgatgtctaagttattggtctatcattttctcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC