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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagcaaaacccctgtggcagattcttttgatactgatgtcatgatttgccaaattctaagacgatatcttgtcttatattcttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G28190.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124770647|gb|EH860777.1|EH860777
EST:     AGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: AGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|124770104|gb|EH860234.1|EH860234
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCGACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACA
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACA
EST: gi|125033156|gb|EL105425.1|EL105425
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACAC
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACAC
EST: gi|125269195|gb|EL283280.1|EL283280
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGA
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGA
EST: gi|301502082|gb|HO207622.1|HO207622
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|116429789|gb|EG472381.1|EG472381
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|124814495|gb|EH899361.1|EH899361
EST:     GTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: GTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125258299|gb|EL272384.1|EL272384
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATG
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATG
EST: gi|125272523|gb|EL286608.1|EL286608
EST:     CAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|124888922|gb|EH967824.1|EH967824
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGAAGCTCCAGAA
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAA
EST: gi|125091932|gb|EL149755.1|EL149755
EST:     TGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: TGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125318231|gb|EL332316.1|EL332316
EST:     TTTCATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGAT
genomic: TTTCATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGAT
EST: gi|125327727|gb|EL341807.1|EL341807
EST:     CAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACNTGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|116462064|gb|EG504656.1|EG504656
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATCTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|86080763|gb|DR376520.1|DR376520
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125260896|gb|EL274981.1|EL274981
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACC
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACC
EST: gi|125050296|gb|EL122565.1|EL122565
EST:     CAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125028732|gb|EL101001.1|EL101001
EST:     TTCATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGA
genomic: TTCATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGA
EST: gi|124858318|gb|EH942755.1|EH942755
EST:     TGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: TGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125160595|gb|EL188114.1|EL188114
EST:     TGATACAACTAATGGATGTATCTCTAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAG
genomic: TGATACAACTAATGGATGTATCTC-AACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAG
EST: gi|125205578|gb|EL220532.1|EL220532
EST:     CCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|125166673|gb|EL192360.1|EL192360
EST:     CATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACAATGACACACGGAGCTCCAGAAGA
genomic: CATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACA-TGACACACGGAGCTCCAGAAGA
EST: gi|125258665|gb|EL272750.1|EL272750
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACG
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACG
EST: gi|125276652|gb|EL290737.1|EL290737
EST:     CATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAA
genomic: CATCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAA
EST: gi|124916543|gb|EH990417.1|EH990417
EST:     AATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: AATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|116438236|gb|EG480828.1|EG480828
EST:     CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
genomic: CATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCAGAAGATGAGT
EST: gi|124719500|gb|EH810902.1|EH810902
EST:     TCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAG                         GACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCT
genomic: TCTCCATGAGTTTGGTGATACAACTAATGGATGTATCTCAACAGgttaatagca ... attcttgtagGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCT