Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACGTTGAAACATGGTATATCACTTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgcttacctctatgctctttgaatggggtagatcttagtttgtgatgatttggtgtggtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G05590.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116400387|gb|EG442979.1|EG442979
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTAGTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400804|gb|EG443396.1|EG443396
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400393|gb|EG442985.1|EG442985
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400815|gb|EG443407.1|EG443407
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116398153|gb|EG440745.1|EG440745
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400818|gb|EG443410.1|EG443410
EST:     TTCGTACGCCTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400408|gb|EG443000.1|EG443000
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400416|gb|EG443008.1|EG443008
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400808|gb|EG443400.1|EG443400
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400414|gb|EG443006.1|EG443006
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116398150|gb|EG440742.1|EG440742
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400807|gb|EG443399.1|EG443399
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|86072717|gb|DR368474.1|DR368474
EST:     TCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCNTTGTT-ACTG                         GTTGCTGGAGACA
genomic: TCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCC-TTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACA
EST: gi|116400410|gb|EG443002.1|EG443002
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400813|gb|EG443405.1|EG443405
EST:     TTCGTACGCCTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400805|gb|EG443397.1|EG443397
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGAC-AACAAGGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCC
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAA-GGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCC
EST: gi|116400814|gb|EG443406.1|EG443406
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400810|gb|EG443402.1|EG443402
EST:     TTCGTACGCCTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGACAAACAAGGTGCAGTGTTTGGAGCTCTGTTGGAATGTCCA
EST: gi|116400412|gb|EG443004.1|EG443004
EST:     TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTG                         GTTGCTGGAGA
genomic: TTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgc ... tgtggtgcagGTTGCTGGAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACGTTGAAACATGGTATATCACTTCGTACGCTTTTGCGAAGAAGTGGAGAGCTTCCTGGTCCTTGTTTACTGgtttgtttgcttacctctatgctctttgaatggggtagatcttagtttgtgatgatttggtgtggtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT