1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTTGCTGCATATTCTGATGGGTACCTTAGGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatctttctataagttgttgttgtttctatcgatttctactcttgtcttacttctcaccattctctctgtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G64350.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044889|gb|DR340644.1|DR340644
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EST: AATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044893|gb|DR340648.1|DR340648
genomic: AATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044886|gb|DR340641.1|DR340641
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EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044884|gb|DR340639.1|DR340639
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044891|gb|DR340646.1|DR340646
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|116457542|gb|EG500134.1|EG500134
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044879|gb|DR340634.1|DR340634
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044877|gb|DR340632.1|DR340632
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|124833161|gb|EH917600.1|EH917600
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGACAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTEST: gi|116430790|gb|EG473382.1|EG473382
genomic: GGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGG-CAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTT
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|116430791|gb|EG473383.1|EG473383
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCAEST: gi|86044878|gb|DR340633.1|DR340633
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
EST: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAG GCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
genomic: GGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatc ... ctctctgtagGCTGAGTTTCAGAATGTTATCGATTCTCTATCGACGCTCGGTAAACCTTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTGCTGCATATTCTGATGGGTACCTTAGGGTTTTTGAGCTCTTGAATCCATTGGAGCTAAAGAATTGGCAACTTCAGgtatcttatctttctataagttgttgttgtttctatcgatttctactcttgtcttacttctcaccattctctctgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA