Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAGATTCCTTCTGCCCCTCTTGGTGGTGTAGTTCCTAGACCATATGGAATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtactaattatactatactctctctatggccgttacttgttgaattcttagatgttgtctctgtttttaaaaatccgatccatgctaaatgatggg...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30970.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47828227|gb|CK117911.1|CK117911
EST:     ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT                         GTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
EST: gi|116463441|gb|EG506033.1|EG506033
EST:     ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT                         GTATTATCCGGGTCCTCCTATGC
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGC
EST: gi|116406350|gb|EG448942.1|EG448942
EST:     ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT                         GTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC