Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTTCCTGGCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAGgtatgtgagaatatgcttgtatgccttatagctactgtgaaatttgaattgtgactctcggctatgtttgttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13770.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86069179|gb|DR364936.1|DR364936
EST:     GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAG                         GGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG
genomic: GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAGgtatgtgaga ... tttgttgcagGGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG
EST: gi|19876024|gb|AU236855.1|AU236855
EST:     GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAG                         GGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG
genomic: GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAGgtatgtgaga ... tttgttgcagGGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG
EST: gi|86069180|gb|DR364937.1|DR364937
EST:     GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAG                         GGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG
genomic: GCAGTGTAACTCCAGATTATGTAGGGTTTCAGTTATGGGACACATTACAGgtatgtgaga ... tttgttgcagGGCCTCTCAACTTATACAAAGATGATGCTTTCCACTCAG