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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAAGCCTCATTTGCCAAAACGCCTTAGAACGTCTCTGTAAAACCAAGGAACTCGATTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGAGAACACCGAGgtttaacattacattccctttgactctcacacatgcttcaatatatgtatatgctctctcagtgtctgactctagacgtaaaaaacggatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G01310.2
intron # 29
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86060291|gb|DR356048.1|DR356048
EST:     AACTCGATTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGGGAACACCGAG                         GTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGT
genomic: AACTCGATTACATGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGAGAACACCGAGgtttaacatt ... acggatgcagGTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGT
EST: gi|124980965|gb|EL053867.1|EL053867
EST:     TGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGAGAACACCGAG                         GTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGT
genomic: TGAGTTACATTGTCCTAAGGCTCTTTGAGAACACCGAGgtttaacatt ... acggatgcagGTATCACTTGAAGACCCGAAAAGATTCCGCATTGAACTTACATTTAGCCGT