Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAAGAAGAGATCAGATGCTTGATTATATATTGACTTTGATGGGCCGAGATGAAAATGAAGGTTTTGCAGAATCTAGTCTCGAAGTTCTACACACTCAGgtagtacactttatgtcaagaatctgtaccatgtgacatttctttcgaagaggcagataccatttctctttctaataaatttgtacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G36810.1
intron # 28
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G36810.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA19G37090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
---GAAAAGAAGAGATCAGATGCTTGATTATATATTGACTTTGATGGGCCGAGATGAAAATGAAGGTTTTGCAGAATCTAGTCTCGAAGTTCTACACACTCAGgtagtacactttatgtcaag---aatctgta-ccatgtgacatttctttcgaagaggcagataccatttctctttctaataaatttgtacag
   ||||||||| || ||  ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  | || |||||||| || |  | |   ||  || | |  |||||||||    |   | ||  | |   ||  || |  ||  ||  | ||  | |      | |  |    |||||  |     | | |||    ||
ATTGAAAAGAAGGGACCAACTGCTTGATTATATTTTAACTTTGATGGGCCGGGATGATGAAGATGGTTTTGCTGATTACAAT---GATCTTTTGCGTACTCAGgtatataaaactgtgctaggcccaaggtgaagtcacttgttaatttatgcttgagagtatttgagttttctaatgtgcttcattttaattag

upper sequence: AT2G36810.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 28
lower sequence: Vv08s0007g04630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 32
GAAAAGAAGAGATCAGATGCTTGATTATATATTGACTTTGATGGGCCGAGATGAAAATGAAGGTTTTGCAGAATCTAGTCTCGAAGTTCTACACACTCAGgt------agtacactttatgtc---------------aagaatctgtaccatgtgaca---tttctttcgaagaggcagataccatttctctttctaataa-atttgtacag
|||||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||| |||||||| | |||||  |||| || ||||| || |||||||| ||| |||| || ||||||||      | |    | |||||                || ||| |   ||||  ||      || ||| |  |||     |  || || |   | || |||  |   | |||
GAAAAGAAGAGACCAGCTACTTGACTACATATTAACTCTGATGGGCTGTGATGATGATGATGGCTTTGCTGAGTCTAGTCTTGAACTTCTGCATACTCAGgtttgtttattggtttgtatgttgttttatactgcactaacaatgttagccattggatcaaccttttttggtggagatctttttcactttttggtgtattaatgtccatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116428335|gb|EG470927.1|EG470927
EST:     ATGAAAATGAAGGTTTTGCAGAATCTAGTCTCGAAGTTCTACACACTCAG                         GCACTCGCTCTGAATGCATGCACAACACTTGTCTCTGTGGAACCAAAGCTG
genomic: ATGAAAATGAAGGTTTTGCAGAATCTAGTCTCGAAGTTCTACACACTCAGgtagtacact ... atttgtacagGCACTCGCTCTGAATGCATGCACAACACTTGTCTCTGTGGAACCAAAGCTG