Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTACGCCCTGGAACCCGATGAGTCACGTATTTATAATGCAGCTCACTTGATGGTTGCGAGTTTAGCTGGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAGgtttttccttcttataaggccttggattctgaagattctttagctttttgtttacacatttacaataatgctattatatctcggccctgttaccctaaaccaacaagatctattttttctctggtttttaatgctcttgtatttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.1
intron # 28
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G02080.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 28
GATTACGCCCTGGAACCCGATGAGTCACGTATTTATAATGCAGCTCACTTGATGGTTGCGAGTTTAGCTGGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAGgtttttccttcttataaggccttggattctgaagattctttagctttttgtttacacatttacaataatgctattatatctcggccctgttaccctaaaccaacaagatctattttttctctggtttttaatgctcttgtatttttag
|| || ||| ||||| | |||||| |||| || |  ||||| || |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| || ||||| ||  | ||||     ||  | ||      |  | | | ||  |||   | ||     |||| |  |    |  | || | ||  | ||  ||                                                        
GACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAAgtaatgcctttaataaattcttttaggattatatacttttaggctcggttttgttttattttctttt---ccctaatgtatcatctcttctag-------------------------------------------------------

upper sequence: AT1G02080.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 28
lower sequence: EFJ17138 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 25
GATTACGCCCTGGAACCCGATGAGTCACGTATTTATAATGCAGCTCACTTGATGGTTGCGAGTTTAGCTGGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAGgtttttcctt-cttataaggccttggattctgaagattctttagctttttgtttacacatttacaataatgctattatatctcggccctgttaccctaaaccaacaagatctattttttctctggtttttaatgctcttgtatttttag
||||| ||||| ||| | || ||     | |    | || |  |  |  | |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    | |  || || |  |||   || || ||  ||   ||                                                                                                          
GATTATGCCCTTGAAGCGGACGACAATAGAACGCTTCATTCGTCAAATCTAATGGTTGCGAGTTTGGCGGGAAGTTTGGCTCATGTGACGTGCAAGgtaaaacgtaactcattacacctgttat-ctaaatttttactatag-------------------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116449491|gb|EG492083.1|EG492083
EST:     GGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAG                         GAACCCCTGCGCACTTCAATATCCGGTCATCTACGGAATTCGCTTCAGGGT
genomic: GGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAGgtttttcctt ... gtatttttagGAACCCCTGCGCACTTCAATATCCGGTCATCTACGGAATTCGCTTCAGGGT