Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAAAGCGTATTAGTCGATATAACGATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGTTGCGGTTGGAATCAGAgtatgtacaacctaaattcaatattatcatatcagcatctgtcttatgttttttatcctaagtctttttatcatttggtgttctcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G13370.1
intron # 27
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G13370.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 27
lower sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 26
TCAAAGCGTATTAGTCGATATAACGATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGTTGCGGTTGGAATCAGAgtatgtacaacctaaattcaatattat----catatcagcatctgtcttatgttttttatcctaagtc---tttttatcatt-tggtgttctcag-------------------
 | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||| | || |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||| ||   | |    ||| ||  |||    ||| ||   || | | | ||       |   | |||    ||||| | ||| |  |  | | |                    
GCTAAGCGCATCAGTCGCTATGAAGATCCCATTGCCCAGTTCCGGGTGTTAATGTACCTCAAACCTTCAAATTGGTCTAAAGGTTGTGGCTGGAATCAGAgtaagtgttatcatttttctattatatttttcatttctttatttttttgatagaaaggaaattcagttatgtttttctgattgtaatacttttaactattgatattgtcattag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164141057|gb|EL968622.1|EL968622
EST:     TACCTTAAACCTTCAAATTTGGTCCAAGGGTTGCGGTTGGAATCAGA                         TCGATGATGCGAGATTGCTTCTGGGAATTCTTTATCATGGTTTTGGGAATT
genomic: TACCTTAAACCTTCAAA-TTGGTCCAAGGGTTGCGGTTGGAATCAGAgtatgtacaa ... gtgttctcagTCGATGATGCGAGATTGCTTCTGGGAATTCTTTATCATGGTTTTGGGAATT