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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAAATGAGTATGGCATCAATCCGCAACAAAAGCTTAAAATCGGTTCAAAGgtgacaatctaagataagagtagttattttcctctctaacaattgtttttccaggggatctcacaacttatcatttctataatttttttccaataaaacaaaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G01310.2
intron # 26
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G01310.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
lower sequence: GRMZM2G022997_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAAATGAGTATGGCATCAATCCGCAACAAAAGCTTAAAATCGGTTCAAAGgtgacaatctaagataagagtagttattttcctctctaacaattgtttttccaggggatctcacaacttatcatttctataatttttttccaataaaacaaaag---
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ATACTCGCTGATGGTGTTATTCCAAATGAGTATGGGATCAACCCAAAGCAAAAACTGAAAATCGGCTCAAAGgtttgttcgtaggttgtcataagcaattttatgcat-----gttgtgccatcatgaga-ctcatgttcagccaattat-tacatggccacttgtaattcttgacgct

upper sequence: AT3G01310.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
lower sequence: Vv14s0066g02540.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
TTACTTGCAGATGGTGTAATCCCAAATGAGTATGGCATCAATCCGCAACAAAAGCTTAAAATCGGTTCAAAGgtga-caatctaagataagagtagttattttcctctctaacaattgtttttccaggggatctcacaacttatcatttctataatttttttccaataaaacaaaag
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TTACTTGCAGATGGTGTCATCCCAAATGAGTACGGCATTAACCCAAAGCAGAAGTTGAAGATTGGATCAAAGgtaaaccattttttataaca--tggcatctcatgttacattctgcaatgtgataataaattatgaatcaacccttttttggggacagcaaacattaagattt---