Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATACTTGGGGAAATGGATGCATGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCAAGGGGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCGGATTCTGATAGgtatgtctttgtgagcaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaattttttcaaactttcagaatcagggaaaagttcccttcagaggatgaagattgatggtcttcattttgaatattgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G18270.1
intron # 26
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G18270.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
lower sequence: LOC_Os06g14740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 26
CAATACTTGGGGAAATGGATGCATGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCAAGGGGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCGGATTCTGATAGgtatgtctttgtgagcaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaattttttcaaactttcagaatcagggaaaagttcccttcagaggatgaagattgatggtcttcattttgaatattgcag
|| |  | || || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || || || |||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||||  ||| ||      | |  | ||| ||    | |   ||| ||||| |       |      |    ||| |   | |  |        | |    | |         ||| |  |||
CAGTGTTAGGTGAGATGGATGCTTGGATAATATGCCCATTTTTCCTTCAAGGTGGCCGCTACACTATTGATGACATTCACTATGTTGCAGATTCTGACAGgta-atctatgc-----atgattctgtatgca-atctacttaacttttttaggaaagtacttcatgacgtaaggttgatacgtaaatcttccaatctcagacaagtccaataatctaacag

upper sequence: AT1G18270.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
lower sequence: GLYMA07G11610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 22
CAATACTTGGGGAAATGGATGCATGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCAAGGGGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCGGATTCTGATAGgtatgtctttgtgagcaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaattttttcaaactttcagaatcagggaa--aagttcccttcagaggatgaagattgatggtcttcattttgaatattgcag
|| || | || |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||  | || |||||||  |||||||||| ||||||||||     ||   | |   | |  |    | || |||   | |||| ||  ||  |   |     || ||    || |  |                                   
CAGTATTGGGTGAAATGGATGCATGGATACTTTGTCCCTTTTTCCTTCAAGGAGGTCGTTACACTATTGAAGACATACACTATGTTGATGATTCTGATACgtatgtctttacactcatgatctagctataaggaattatg-aatggatacaaaattagagtcttgtgtgtttaactttttgtctgcag-----------------------------------

upper sequence: AT1G18270.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
lower sequence: Vv17s0000g02140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 24
CAATACTTGGGGAAATGGATGCATGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCAAGGGGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCGGATTCTGATAGgta--tgtctttgtgagcaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaattttttcaaactttcagaatcagggaaaagttcccttcagaggatgaagattgatggtcttcattttgaatattgcag
|| | || || || |||||||||||||| || || || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||  | || |||||||| ||||||||  ||||  || |||| |    |   | | | | | | |   |||| |||  | |  ||  ||     |  |  |    |     | | |   ||  | ||| || ||  ||               
CAGTGCTGGGTGAGATGGATGCATGGATCATATGTCCATTTTTCCTGCAAGGAGGCCGGTATACTATTGATGACATACACTATGTTGCAGATTCTGACCGgtaattggctttctttttatt-tatttatttattttcctgtg-aataatgttgaatctt---ggttggacatggttaatactgaaacattgtggtttggtg-tcaacag--------------