Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTCCCTTGTGGACATTCCTCTGAAAAATTACTACAGATATGTCTTACCTAATACGgtatgttattttaaaagatcttaataaaatatatgacggtctggtattgtccatatcctctgatcaaatattgattctgccatgtatctttttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G71220.2
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164099043|gb|ES174361.1|ES174361
EST:     AGATATGTCTTACCTAATACG                         GACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAAGGCATTTTTC
genomic: AGATATGTCTTACCTAATACGgtatgttatt ... ctttttttagGACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAAGGCATTTTTC
EST: gi|163990259|gb|ES203097.1|ES203097
EST:     AGATATGTCTTACCTAATACG                         GACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAAAGGCATTTTT
genomic: AGATATGTCTTACCTAATACGgtatgttatt ... ctttttttagGACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAA-GGCATTTTT