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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGGCGCTCTTGAAGGGGACGAAGAGTTGACACCACTAGGACATCATTTAGCAAAACTTCCTGTTGATTTGTTAATTGGAAAGgtttgcttcagtaacatcattgttgtactaataaaggccgctcaaacatatgttttgttatcatcactacaccttttaaataatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G58050.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G58050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 25
lower sequence: GLYMA17G00440.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GTCGGCGCTCTTGAAGGGGACGAAGAGTTGACACCACTAGGACATCATTTAGCAAAACTTCCTGTTGATTTGTTAATTGGAAAGgtttgcttcagtaacatcattgttgtactaataaaggccgctcaaacata-tgttttgttatcatcactac-accttttaaataatgcag------------
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GTTGGTGCTCTTGAAGGGGATGAGGAGTTGACACCACTTGGGCATCATCTGGCAAAACTTCCTGTGGATGTGTTAATTGGGAAGgtgctcaccaaatttttctttcctcttatcttcaaag--gtttaaatttaatgtttgtttttcaatgctgctatatctttaagaatttattaatttttatac

upper sequence: AT1G58050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv12s0035g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
GTCGGCGCTCTTGAAGGGGACGAAGAGTTGACACCACTAGGACATCATTTAGCAAAACTTCCTGTTGATTTGTTAATTGGAAAGgtttgcttcagtaacatcattgttgtactaataaaggccgctcaaacata-tgttttgttatcatcactacaccttttaaat---aatgcag--------
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GTTGGTGCTATTGAAGGGGATGAAGAGTTGACGCCTCTTGGGCATCATTTGGCTAAACTTCCTGTTGATGTGTTAATTGGAAAGgtgtgcatcatttacttctgtccttctatttcaaaggttaaataattgtagtactgggaactcattgctaatattattgatttggaatctaatgtctggg