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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATACGTGAGGAATTCAAGTCTTGTACAATGCTTATTATCGCTCACAGATTGAATACCATCATCGACTGCGACAAGATCCTTGTGCTTAGTTCTGGTCAGgtaaggccaggattattgttcatagaactcgcttaagaagattctggtacagaatagtaacgtccttctgtgactgacataaaactacgtcaattttgttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30420.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G30420.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv10s0003g04460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
CATACGTGAGGAATTCAAGTCTTGTACAATGCTTATTATCGCTCACAGATTGAATACCATCATCGACTGCGACAAGATCCTTGTGCTTAGTTCTGGTCAGgtaaggccaggattattg---ttcatagaactcgcttaagaagattctggtacagaatagtaacgtccttctgtgactgacataaaactacgtcaattttgttag------------------------------------------------------
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CATTCGAGAGGAGTTCAAAACATGCACAATGCTTATTATTGCTCACCGACTAAATACCATAATCGACTGTGACCGGATCCTTGTCCTTGATTCTGGTCAGgtaatgttattcttgccaactttctggtttcctacttggtaatgcaccagtgtagcatctgggtttgagaagatgaa-ggcttacacttcaatgaaattcacatggaatgttaatatttgataactcactagttagaacctgtttgacatttctttcag