Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTGTGGCTCAAGCCGAAAACCGAGCAATGCCACAGCTATATAGCAGTACAGACGTTAGACCCTTGAACATGAATGATTTCAAAACCGCACATGATCAGgtttgagaaactgaaacatacaaattagtttcaccatttggtctagttttgggatataacggagtgtttttttttattattgttggaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02890.2
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116386258|gb|EG428850.1|EG428850
EST:     CAGACGTTAGACCCTTGAACATGAATGATTTCAAAACCGCACATGATCAG                         GTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACA
genomic: CAGACGTTAGACCCTTGAACATGAATGATTTCAAAACCGCACATGATCAGgtttgagaaa ... ttgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACA
EST: gi|116386261|gb|EG428853.1|EG428853
EST:     CAGACGTTAGACCCTTGAACATGAATGATTTCAAAACCGCACATGATCAG                         GTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAA
genomic: CAGACGTTAGACCCTTGAACATGAATGATTTCAAAACCGCACATGATCAGgtttgagaaa ... ttgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAA