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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCTTATGGTTCAAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTGGGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGgttagaacatgattttgaccaatgagagctaaccattcgttgtttagtttattgttatgttataatacttaaccatcatctaatgggcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06120.1
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06120.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 23
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 24
GTGGCTTATGGTTCAAGGATTTTAGCCCTGCCAAATGTTGCGGATATATATGCCTTCAAATACAAGGGGATCTGGGTTTCACTCACAATACTGTCAAGAGgttagaacatgattttgaccaatgagagctaacc---attcgttgt-ttagtttattgttatgttataatacttaaccatcatctaatgggcag------
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GTTGCTTATGGGTCAAGGATTTTATCTCTTCCAAATGCTGCTGACATTTATGCCTACAAATACAAGGGAATATGGATTTCTTTAACAATTCTTTCAAGAGgtaagtaccttctggtttttaatgtttactaggtggaattcatcatatttgttgaaaaccaatttgttgtgtcaaaattagttatatcaagaagctcaaa